Claude Code en Windows: cómo usarlo sin que borre tus archivos (permisos, copias y Git)

Dejar que Claude Code trabaje solo sobre tus carpetas ahorra horas. También significa darle permiso para tocar tus archivos. En septiembre de 2026 un usuario contó que un agente le borró unos 48.218 archivos en Windows y vació su historial de Git en menos de dos minutos (lo explicamos en esta noticia). No hace falta que te pase lo mismo para tomar precauciones: son cinco ajustes, y los tres primeros se hacen en un cuarto de hora.

El riesgo, en una frase

Un agente que puede ejecutar comandos puede borrar, mover y sobrescribir archivos. Si se equivoca, no avisa antes: lo hace rápido y en silencio. Lo que te salva no es confiar en que no se equivoque, sino que exista una copia que el agente no pueda alcanzar.

Paso 1. Una copia fuera de su alcance

Es lo más importante. Guarda una copia de tus proyectos en un disco externo o en la nube, en una ubicación distinta a la carpeta donde trabaja Claude Code. Según el informe del caso, lo que se salvó fueron justamente las copias de seguridad y lo que estaba fuera de la carpeta del proyecto.

• Un disco externo conectado solo cuando haces la copia es la opción más segura.
• Si usas una carpeta sincronizada en la nube, ten en cuenta que un borrado dentro de ella también se sincroniza. Comprueba que tu servicio guarda versiones anteriores o una papelera.

Paso 2. Git con una copia en un servidor

Git guarda el historial de tu proyecto en una carpeta oculta llamada .git. En el caso de la noticia, esa carpeta quedó vacía y el historial local se perdió. Por eso no basta con Git en tu ordenador: sube también una copia a un servidor como GitHub con git push cada vez que termines un bloque de trabajo. Si algo borra tu carpeta, el historial sigue en el servidor.

Paso 3. No uses el modo «sin permisos» salvo en un entorno aislado

Claude Code, por defecto, te pide permiso antes de ejecutar comandos y de modificar archivos. Hay un modo que se salta todas esas preguntas (bypassPermissions, que se activa con la opción --dangerously-skip-permissions). La documentación de Anthropic dice que solo debería usarse en entornos aislados, como contenedores o máquinas virtuales, donde Claude Code no pueda causar daños. En una carpeta con tu trabajo real, déjalo apagado.

Puedes impedir que se active ese modo. En el archivo de ajustes settings.json (el de usuario está en .claude, dentro de tu carpeta personal) añade:

{
  "permissions": {
    "disableBypassPermissionsMode": "disable"
  }
}

Qué hace: es un candado. Aunque alguien (o tú, con prisa) intente arrancar Claude Code sin permisos, no lo aceptará.

Paso 4. Si usas Windows, prueba WSL2 para tener protección aislada

Claude Code tiene un «aislamiento» (sandbox) que limita a qué archivos pueden llegar los comandos que ejecuta. Según la documentación, funciona en macOS, Linux y WSL2, pero en Windows «nativo» los comandos se ejecutan sin ese aislamiento. WSL2 es el sistema Linux que Windows incluye de forma opcional: si trabajas con Claude Code dentro de WSL2 puedes activarlo con el comando /sandbox. Es un paso más técnico; si no te animas, quédate con los pasos 1, 2 y 3.

Paso 5. Pide un simulacro antes de borrar

Cuando le pidas limpiar, reorganizar o «reconstruir» algo, añade esta frase:

Antes de borrar nada, muéstrame la lista exacta de lo que vas a eliminar
y espera mi confirmación. En vez de borrar, muévelo a una carpeta aparte.

Y revisa si la carpeta contiene enlaces o atajos a otras carpetas, que fueron la causa del caso. En el Símbolo del sistema de Windows, este comando los lista (los marca como <JUNCTION>):

dir /AL /S "C:\ruta\de\tu\proyecto"

Si aparece alguno, pídele a Claude que no entre en esas carpetas ni las borre.

Lo que Claude Code no puede deshacer

Claude Code guarda «puntos de control» y puedes volver atrás con /rewind (o pulsando Esc dos veces). Pero esos puntos de control solo siguen los cambios que hace con sus herramientas de edición de archivos. No deshacen lo que hacen comandos de terminal como rm o mv, y la propia documentación aclara que no sustituyen a Git. Por eso el paso 1 y el paso 2 no son opcionales.

Si ya ha pasado

1. Detén al agente (Esc) y cierra la sesión.
2. No sigas escribiendo en ese disco: cada archivo nuevo puede ocupar el hueco de uno borrado.
3. Mira si tienes copias: una copia en la nube con papelera o versiones, la copia externa, o las «versiones anteriores» de Windows si las tenías activadas. El usuario del caso dijo que probaría justo eso.
4. Recupera desde el servidor de Git (git clone) si habías subido el proyecto.

Resumen

• Copia fuera de su alcance (disco externo o nube con versiones).
• Git con copia en un servidor.
• Modo sin permisos apagado, y candado en settings.json.
• En Windows, WSL2 si quieres aislamiento.
• Simulacro antes de borrar y mover en vez de eliminar.

Si todavía no has empezado con la herramienta, tienes nuestra guía de Claude. Y si quieres seguir las noticias del sector cada sábado, apúntate al boletín de La Prensa IA.

Fuentes: documentación de Claude Code sobre permisos, puntos de control y aislamiento. Los comandos de Windows de esta guía los hemos probado en un equipo con Windows 11.